鱸形目中魚種的粒線體全基因定序及演化樹分析

學生姓名: 陳逸泓
指導教授: 黃登福
學期: 109下
摘　　要: 粒線體 DNA 因其具有排列緊湊、母系遺傳、高演化速率等特徵，使其經常作為物種分類學及演化之依據，透過粒線體 DNA 的序列比對可得出相似物種的差異。因此，本研究分別透過聚合酶連鎖反應 (Polymerase chain reaction, PCR) 及次世代定序 (Next generation sequencing, NGS) 對鱸形目中三科別魚種的粒線體 DNA 進行完整的定序，得出的序列可用作未來對魚種鑑定的參考序列。觀察各魚種的基因特徵並且與其他已定序的物種序列進行比對得出魚種的演化樹。由定序結果可知，本研究所選用的魚種中粒線體 DNA 均含有 13 個蛋白質編碼基因 (Protein-coding gene, PCG)、2 個 rRNA 基因、2 個 non-coding region 及 22 個 tRNA 基因。除了白帶魚 (Trichiurus lepturus) 缺少了 tRNA-Pro 的基因片段，而在已定序的帶魚屬物種中同樣缺少該片段。分析蛋白質編碼基因中的非同義置換／同義置換 (Ka)/(Ks) 以及遺傳距離。可發現本研究的魚種中 Cytochrome c oxidase complex (COX) 為較保守的片段，NADH dehydrogenase subunit 5/6 (ND5/6) 及 ATPase 8 為變異度較高的片段，這結果與大部分的魚類相同。再將序列比對得出這些物種的演化樹，建立了帶魚屬魚種的親緣關係。並發現石首魚科的親緣關係更接近於松鯛目 (Lobotiformes) 及白鯧目 (Ephippiformes)，並不屬於鱸形目，而是屬於另一未知的目。