笛鯛科魚類的物種鑑定

學生姓名: 林佩宜
指導教授: 黃登福
學期: 109下
摘　　要: 笛鯛科為輻鰭魚綱笛鯛目的其中一個科，根據 FishBase 的資料，笛鯛科下有 70 多個物種，因具有豐富的物種多樣性及肉質甜美，在世界各地廣泛的作為食用魚類。本研究探討各地區笛鯛科魚類的捕撈及販售情形，通過次世代定序法 (Next Generation Sequencing, NGS)、聚合酶鏈反應法 (Polymerase chain reaction, PCR) 及多重聚合酶鏈反應法 (Multiplex polymerase chain reaction, Multiplex PCR) 對笛鯛科魚類進行物種鑑定。粒線體 DNA (mitochondrial DNA, mtDNA) 為母系遺傳，不會經過遺傳重組，因此與細胞核 DNA 相較之下有較高的突變速率，在粒線體的控制區域 (control region) 基因序列具有高度變異性，且不被轉譯成蛋白質影響個體性狀，可用來判斷母系遺傳疾病、親源關係的鑑定，或是當做演化的分子時鐘，確認親緣演化發生的順序，進行種以下的親緣研究。本研究中 Lutjanus fulgens 之粒線體 DNA 全長為 16,500 bp，具有 22 個轉運核糖核酸 (Transfer RNA, tRNA) 基因、2 個核糖體 RNA (ribosomal RNA, rRNA) 基因、13 個蛋白質編碼基因 (protein‐coding genes, PCGs) 和 2 個非編碼控制區。經 COI 基因比對分析後，發現 Lutjanus fulgens 及 Lutjanus lutjanus 種群中皆存在 2 種單倍型，其中 Lutjanus lutjanus 具有相對較大的遺傳差異，表明可能存在尚未識別的物種。多重聚合酶鏈反應 (Multiplex polymerase chain reaction, Multiplex, PCR) 因引子與 DNA 之間具有特異性，不同引子可增幅不同的 DNA 片段，使膠體電泳結果產生不一致的 DNA 條帶模式，藉由此條帶模式，即使不進行 DNA 定序也能區分 Lutjanus purpureus、Ocyurus chrysurus、Lutjanus synagris，使物種識別更加簡便快速。