教師研究發展領域包含：食品加工與工程、食品化學與分析、營養與保健食品、微生物與食品生技、食品安全與衛生等領域，充分涵蓋食品各種需求。特色研究團隊包括:海藻研究、幾丁聚醣研究、貝類機能性成分研究、奈米技術在生物科技應用研究等，計畫申請補助每年約有3,500萬元研究經費。
　　在產業實務應用方面，本系強調食品科技在傳統與新世代水產資源開發利用之特色，包括新興養殖魚與低利用生物資源之加值利用(如箱網海鱺、養殖烏魚、海藻酒品與飲料、蝦蟹殼廢棄物等)、食品安全與品質之管理(HACCP 、CAS與ISO 22000認證、食品病原菌檢驗、回溯制度、電解水殺菌以及食品物流管理等)、保健機能性食品及保養品之開發(如貝類、藻類、魚油修飾、魚肉水解物、保健化粧品、益生菌與養生藥膳水產品等)、海洋素材抗日本腦炎病毒和腸病毒等疫苗研究、魚類生化學研究(如水產品生化學組成、海洋生物毒、飛魚生化特性、盲鰻生化特性等)以及幾丁聚醣和褐藻醣膠奈米化與基因工程技術等前瞻科技在水產品之應用。