本系推動各項產學合作專案，透過與產業之間的合作，使教育朝向應用及實務方向發展，培育出產業界所需之人才。並透過產學技轉中心，辦理專利申請、技術移轉、產學合作及創新育成事宜，落實產、官、學合作機制。近幾年建教合作案每年有60-70件，金額最高達到2,600萬元。
學生可利用暑假期間至校外進行實習，將在校所習得之知識與工作相互應證外，提高學習效果，並可累積職場工作經驗，對未來就業有所幫助。整體而言，畢業生之就業表現良好，專業能力符合本系核心能力之教育目標與專業訓練。
目前就業概況如下：
- 食品相關產業：統一、味全、大成長城、愛之味、聯華食品、麥當勞、新和興、光泉、可口、掬水軒、味王、味丹、佳格、桂冠、裕馨香料、嘉豐、碁富、憶霖、一之鄉、依莎貝爾、裕元、振芳等公司。
- 漁業相關產業：福壽飼料、泰山飼料、台灣綠藻、東海綠藻、全興水產國際等公司等。
- 政府機構：農委會、衛生福利部、漁業署、商品標準檢驗局、食品藥物檢驗局、工業局、環保署、國科會（科技部）、各縣市政府衛生局、各縣市政府海洋漁業局或農業局等。
- 研究機構：中央研究院、生物技術開發中心、水產試驗所、食品工業發展研究所、生產力開發中心、中華穀類食品工業技術研究所等。
- 教育機構：海洋大學食品科學系、生命科學系與水產養殖學系、臺灣大學食品科技研究所、東海大學、靜宜大學、輔仁大學、嘉義大學、澎湖科技大學、屏東科技大學、高雄海洋科技大學、宜蘭大學、金門大學、嘉南藥理科技大學、大仁科技大學院、中華醫事科技大學、元培科技大學、台北海洋技術學院、高雄餐旅大學、基隆海事、澎湖海事、蘇澳海事、龍潭農工及北門農工等。
- 其他：儀器藥品公司、物流業、貿易業、行銷業、管理業、服務業、農業科學資料服務中心、GMP協會、泛球藥理、SGS等。
