本系儀器設備依其功能與使用對象之不同分別置放於學生實習工廠、精密儀器室、微生物精密儀器室、二間教學實驗室及23間教師專業研究實驗室。本系與海洋中心設備每年除暑假舉辦新生儀器講習外，另有不定期新購儀器設備教育訓練!

	學生實習工廠
	冷凍冷藏：	急速凍結庫、冷藏庫、冷凍庫
	罐頭食品：	加工調理區、真空油炸機、自動重油鍋爐、全自動真空封罐機、水淋式殺菌釜及熱穿透溫度記錄套組。
	乾燥設備：	微波真空動態乾燥機、噴霧乾燥機、冷熱風乾燥機、真空凍結乾燥機。
	食品加工：	超高壓食品處理設備、擂潰機、米果機、及送風式急速凍結設備、二重釜、脫水機、魚丸成型機、恆溫恆濕機、同步微波超音波萃取機、液體/粉末充填包裝機、連續式高速遠心分離機及板式矽藻土過濾機等
	其他設備：	50公升與30公升級發酵槽各一組、5公升級發酵槽、烘焙機、超過濾與逆滲透設備、煉製品加工機械一組等。
	精密儀器室
	示差掃瞄熱分析儀、感應耦合電漿光譜儀、動態流變儀、胺基酸分析儀、超高速離心機、高速離心機、低速離心機、微射流均質乳化機、高壓液相層析儀、氣相層析儀、傅立葉轉換式紅外線光譜儀、分光光譜儀、螢光光譜儀、掃描式分光色差儀、超臨界流體萃取儀、電透析儀等
	微生物實驗室
	螢光倒立顯微鏡、倒立相位差顯微鏡、生物雙眼光學顯微鏡、液態發酵系統、分液收集器、無菌無塵操作檯、迴轉式恆溫振盪器、菌落計數器、酸鹼指示計、電磁加熱攪拌器、全自動蒸汽滅菌鍋等
	生物化學/食品分析實驗室
	螢光分析儀、聚合反應器、液相層析儀、影像分析處理設備、免疫酵素分析儀、分光光譜儀、彈卡儀、灰化爐、凱氏氮分析裝置、油脂抽取裝置、粗纖維快速萃取儀、細胞破碎機、蛋白質分解裝置、梯度混合器、電泳設備、蛋白質分析裝置等。
	教師專業研究實驗室
	全自動胜肽分析及收集系統、螢光流動細胞儀、超音波細胞破碎機、原子吸收光譜儀、分光光譜儀、超臨界流體層析儀、粘度計、蛋白質層析泳動系統、真空凍結乾燥機、高效率液相層析儀、氣相層析儀、雷射光散射儀、折射率測定器、真空濃縮裝置等
	海洋中心儀器設備  >>>前往海洋中心
	高階冷光螢光影像照相分析系統(UVP Biospectrum AC)、高效能液相層析儀HPLC (Hitachi L-2000)、吸收光、螢光、冷光盤式分析儀Multi-detection microplate readers (BioTek Synergy HT)、流式細胞儀 Flow cytometry (BD Aria II)、超微量核酸定量光譜儀 Spectrophotometer (Thermo Nanodrop 1000)、超高速基因體定序儀 Genome sequencer (Roche454)...等